Boekhouder.nl

Welk boekhoudprogramma past bij je Shopify-webshop?

Je wilt je Shopify-orders, betalingen en btw verwerken zonder onnodig overtypen. Maar een orderkoppeling verwerkt niet vanzelf ook alle betaalkosten, retouren en voorraadwijzigingen. Hier vergelijk je boekhoudprogramma’s op jouw werkwijze. Bepaal waar je de voorraad bijhoudt, wie de boekhouding controleert en welke gegevens de koppeling moet overzetten.

Of kies een situatie:
In het kort
  • Van de 22 beoordeelde boekhoudprogramma’s voldoen er 14 aan de eisen: een Shopify-koppeling en toegang voor nieuwe Nederlandse klanten.
  • Er zijn 4 boekhoudprogramma’s uitgesloten en bij 4 is nog niet bevestigd of ze aan de eisen voldoen.
  • Controleer orderimport, verwerking van betalingen en voorraadsynchronisatie apart voordat je kiest.
Uitgelichte partnersAdvertentieBetaalde plaatsing; de volgorde is geen onderzoeksranking en weegt niet mee in het advies hieronder. Hoe wij vergelijken en geld verdienen
e-Boekhouden.nlVanaf € 9,95 p/m · directe btw-aangifte, gratis accountantslicentieOnze bevindingen
MoneyMonkVanaf € 9 p/m · alle functies in elk pakket, 30 dagen gratis proberenOnze bevindingen
JorttGratis pakket, betaald vanaf € 19,95 p/m · 30 dagen gratis proberenOnze bevindingen
Persoonlijk advies van Boekhouder.nlAlgemene vergelijking

We vergelijken boekhoudsoftware op geschiktheid voor jouw situatie: prijs, pakketten, functies, bankkoppelingen, btw-ondersteuning, facturatie, boekhoudertoegang en beschikbare brondata — niet op populariteit of vergoeding. Commerciële relaties kunnen bestaan en worden vermeld. Aanbevelingen moeten passen bij de situatie van de gebruiker.

Gebaseerd op 49 bronnen, gecontroleerd op 11 oktober 2026.

Onderzoek en redactie
Boekhouder.nl Research Team
Inhoudelijk beoordeeld door
Remko Allertz
Software getest door
Shilpa Sitlani

Gepubliceerd 4 oktober 2026 · Pagina bijgewerkt 20 oktober 2026 · 49 bronnen gecontroleerd

Kies hoe je je webshop wilt bijhouden

Begin bij je werkwijze. De kaarten laten zien welke rol je boekhoudprogramma krijgt naast Shopify.

Voorraad apart

Shopify blijft je centrale systeem

Je houdt je voorraad in Shopify bij. Het boekhoudprogramma gebruik je voor verkopen, betalingen en btw. e-Boekhouden.nl en Moneybird passen bij deze werkwijze, maar volledige verwerking van Shopify Payments is hiermee niet bevestigd.

e-Boekhouden.nl, Moneybird, AFAS Software, InformerOnline, Rompslomp

Voorraad bijhouden

Ook voorraadaantallen in je boekhouding

Je wilt aantallen bijhouden, niet alleen de waarde van je voorraad boeken. Silvasoft biedt hiervoor een voorraadmodule naast boekhouden en facturatie. Laat apart bevestigen of voorraadwijzigingen ook teruggaan naar Shopify.

Silvasoft, e-Boekhouden.nl, Rompslomp, SnelStart, Visma eAccounting

Samen controleren

Je boekt zelf, je boekhouder kijkt mee

Je importeert webshopgegevens en geeft je eigen boekhouder toegang voor controle, correcties of aangifte. AFAS Software, e-Boekhouden.nl en Moneybird passen bij deze werkwijze. Toegang voor je boekhouder betekent niet dat diens werk in het abonnement zit.

AFAS Software, e-Boekhouden.nl, Exact Online, InformerOnline, Moneybird

Uitbesteden

Boekhouding en aangiften laten verzorgen

Je zoekt software met iemand die je boekhouding controleert en aangiften verzorgt. Zo’n inbegrepen dienst is bij de onderzochte softwareabonnementen niet bevestigd. Vraag daarom apart wie het werk doet en wat de afspraken en kosten zijn.

Waar let je op bij je keuze?

Kijk verder dan de aanwezigheid van een Shopify-koppeling. Controleer welk pakket je nodig hebt en test de verwerking met gegevens uit je eigen webshop.

Shopify centraal

Kies wat naast Shopify nodig is

e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren past als je onbeperkt wilt boekhouden en aparte webshop- en betaalkoppelingen accepteert. Moneybird Compleet past als je voorraad elders blijft en je onbeperkt gebruikers, banktransacties en bankkoppelingen wilt. Volledige automatische verwerking van Shopify Payments is bij deze pakketten niet bevestigd.

Voorraad

Onderscheid voorraadbeheer van synchronisatie

Silvasoft combineert Boekhouden, Facturatie en Product- & voorraadbeheer. Dat past als je ook voorraadaantallen wilt bijhouden. Een voorraadmodule bewijst nog niet dat wijzigingen automatisch naar Shopify teruggaan. Leg vast welk systeem leidend is en hoe artikelvarianten en retouren worden verwerkt.

Boekhouder

Regel toegang en werkzaamheden apart

AFAS Software past met AFAS SB als je zelf importeert en je boekhouder laat controleren. Afgeronde Shopify-orders komen als verkoopboekingen binnen en er zijn rollen voor je accountant. Maak apart afspraken over controle en aangiften; de software vervangt je boekhouder niet.

Betalingen

Test je eigen betaalprovider

Laat de koppeling testen met een bestelling, gedeeltelijke terugbetaling, betaalkosten, terugboeking en een uitbetaling voor meerdere orders. Een betaalstatus is niet hetzelfde als een controle van het ontvangen bankbedrag. Vraag hoe omzet, btw en kosten apart in je boekhouding terechtkomen.

Koppeling

Vraag een aparte specificatie voor voorraad

De onderzochte financiële koppeling van e-Boekhouden.nl synchroniseert geen voorraad. Bij SnelStart zijn er aparte varianten voor orders en voorraad. Vraag welke koppeling jouw pakket nodig heeft, in welke richting gegevens gaan en wat er gebeurt bij retouren.

Welke functies heb je nodig?

Kies wat je nodig hebt. De vergelijking hierboven past zich aan.

  • Btw-aangifte
  • IB-aangifte
  • Bankkoppeling
  • Facturatie
  • Urenregistratie
  • Voorraad
  • Projecten
  • Boekhoudertoegang
  • Mobiele app
  • Auditfile-export

Zo lees je de kosten

Een boekhoudprogramma kost zelden alleen de vanafprijs. Reken met deze drie posten.

Abonnement per maand

Het bedrag dat je elke maand betaalt. Let op of de prijs geldt bij betalen per maand of per jaar.

Limieten per pakket

Veel pakketten begrenzen het aantal facturen, boekingen, gebruikers of administraties. Kom je daarboven, dan heb je een duurder pakket nodig.

Extra modules en koppelingen

Een bankkoppeling, bonnetjes scannen, een extra gebruiker of een koppeling met je webshop kost soms apart.

Welke regels gelden voor je webshopadministratie?

Je blijft verantwoordelijk voor een controleerbare administratie en tijdige aangiften. Een koppeling helpt daarbij, maar bewijst niet dat alles juist is verwerkt.

Een administratie is verplicht, een bepaald pakket niet

Je moet een administratie bijhouden die de Belastingdienst kan controleren. Je mag daarvoor een werkwijze kiezen die bij je onderneming past. Orders, facturen, betalingen en digitale bestanden kunnen daarbij horen. Kies dus software waarmee je verkopen kunt volgen tot in je boekhouding en aangifte. Alleen een totaal op je dashboard is niet automatisch genoeg.

Bewaar ook de gegevens achter je boekingen

Voor je basisadministratie geldt meestal een bewaartermijn van 7 jaar. Voor gegevens over de OSS-Unieregeling en Invoerregeling geldt 10 jaar na afloop van het jaar van levering. De gegevens moeten beschikbaar en controleerbaar blijven, ook als je abonnement stopt. Controleer daarom of je orders, btw-gegevens, facturen en betalingen kunt exporteren en bewaren.

Aangifte doen en betalen zijn aparte stappen

De Belastingdienst bepaalt over welke periode je btw-aangifte doet. Bij maand- en kwartaalaangiften moet je meestal uiterlijk op de laatste dag van de volgende maand aangifte doen en betalen. Controleer dus niet alleen of je programma de aangifte heeft verzonden. Ga ook na of je betaling op tijd bij de Belastingdienst is.

Ook met de KOR houd je administratie bij

De Nederlandse KOR heeft voorwaarden, waaronder een jaaromzet van maximaal €20.000. Je rekent dan geen btw en trekt betaalde btw niet af. Meestal vervalt je gewone btw-aangifte, maar buitenlandse transacties kunnen toch een aangifte vereisen. De EU-KOR kent een omzetgrens van €100.000 in de hele EU en voorwaarden per land. Alleen een Nederlandse KOR-instelling is dus niet genoeg.

Buitenlandse btw importeren is geen OSS-aangifte

Bij bepaalde verkopen aan consumenten in andere EU-landen speelt de grens van €10.000 mee. Ook je vestiging en omzet in het huidige en vorige jaar tellen mee. Via de Unieregeling meld je buitenlandse btw per kwartaal. Een koppeling die deze btw importeert, doet niet vanzelf OSS-aangifte. Voor geschikte rechtstreekse invoerzendingen van maximaal €150 bestaat de Invoerregeling, met een maandelijkse melding.

Je rechtsvorm bepaalt welke jaarstukken nodig zijn

Met een eenmanszaak geef je je winst aan via de inkomstenbelasting. Een bv betaalt doorgaans vennootschapsbelasting en moet meestal een jaarrekening deponeren. Die deponeerplicht geldt niet voor een eenmanszaak. Vraag apart naar rapportages, het voorbereiden van aangiften en het indienen ervan. Een balans uit je pakket bewijst niet dat de jaarrekening ook wordt opgesteld en gedeponeerd.

Elektronisch factureren: onderscheid plannen van geldende regels

Er is een Europees kader voor digitale rapportage van grensoverschrijdende zakelijke transacties vanaf juli 2030. Voor Nederlandse zakelijke transacties wil het kabinet elektronisch factureren vanaf 1 juli 2030 verplichten en rapportage vanaf 1 juli 2031. Het Nederlandse wetsvoorstel is nog in ontwikkeling. Dit is geen huidige algemene plicht voor Shopify-consumentenverkopen. Een pdf of UBL-export bewijst ook geen verzending via Peppol.

Een uitbetaling is niet hetzelfde als je omzet

Shopify onderscheidt transactiebedragen, kosten en netto-uitbetalingen. Ook terugbetalingen en reserveringen kunnen meespelen. Alleen het bankbedrag boeken bewijst daarom niet dat omzet, btw en kosten goed staan. Test of je een order kunt volgen via de btw en betaaltransactie naar de uitbetaling en bankontvangst. Controleer voorraadwijzigingen en retouren apart.

Hoe we onderzoeken

Wat we vergelijken

We vergelijken boekhoudprogramma’s op prijs, limieten per pakket, functies en koppelingen die de aanbieder zelf publiceert.

Waar de gegevens vandaan komen

Prijzen en functies komen uit de prijspagina’s, helppagina’s en voorwaarden van de aanbieders. Elke bewering op deze pagina hangt aan een bron in de bronnenlijst.

Wat we niet doen

We geven geen cijfer en we wijzen geen winnaar aan. Staat iets niet in een openbare bron, dan noemen we het als open punt.

Nog open op de controledatum

  • Koppelingen deels onderzocht: Niet alle diensten van de externe koppelpartners zijn apart gecontroleerd. De controle dekt alleen de koppelingen die bij de onderzochte pakketten zijn beschreven, niet hun volledige aanbod.
  • Valuta bij koppelkosten: Officiële informatie over koppelkosten noemt op verschillende plekken euro’s en dollars. Een precies en consistent tarief voor elke pakketcombinatie is daardoor niet bevestigd; vraag een offerte voor jouw koppeling.
  • Prijzen InformerOnline onduidelijk: Bij InformerOnline staan verschillende prijzen voor MKB Basis en tegenstrijdige startersacties vermeld. De vergelijking gaat daarom uit van de reguliere prijzen voor ZZP Plus en MKB Plus, niet van deze acties.
  • Pakketkeuze bij SnelStart: De officiële Shopify-pagina’s van SnelStart spreken elkaar tegen over ondersteuning van inKaart. De financiële vergelijking gaat uit van inBalans; de benodigde voorraaduitbreiding moet nog schriftelijk worden bevestigd.
  • Functies nog onbevestigd: Voorraadbeheer bij Twinfield en inbegrepen uitbesteding bij de softwareabonnementen zijn niet bevestigd. Ook koppellimieten, volledige verwerking van Shopify Payments, OSS- en IOSS-indiening, vreemde valuta en sommige exportmogelijkheden vragen nog controle; onbevestigd betekent niet dat een functie ontbreekt.

Veelgestelde vragen

Welk boekhoudprogramma past als mijn voorraad in Shopify blijft?

e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren en Moneybird Compleet passen bij deze werkwijze. Bij e-Boekhouden.nl gebruik je aparte webshop- en betaalkoppelingen. Moneybird Compleet past als je voorraad elders blijft en onbeperkt gebruikers en banktransacties wilt. Laat bij beide pakketten de verwerking van jouw betalingen testen.

Verwerkt een Shopify-koppeling ook alle betalingen automatisch?

Dat kun je niet afleiden uit alleen de aanwezigheid van een orderkoppeling. Een betaalstatus, betaalkosten en de uiteindelijke uitbetaling zijn verschillende gegevens. Laat zien hoe de koppeling een order, terugbetaling en uitbetaling verwerkt en met de bankontvangst vergelijkt.

Wordt mijn voorraad automatisch teruggezet naar Shopify?

Een voorraadmodule bewijst dat niet. Bij e-Boekhouden.nl synchroniseert de onderzochte financiële koppeling geen voorraad. Bij Silvasoft is synchronisatie in beide richtingen niet bevestigd. Vraag welk systeem de voorraad bepaalt, welke kant wijzigingen opgaan en hoe retouren worden verwerkt.

Kan mijn eigen boekhouder meekijken?

Ja, bijvoorbeeld via AFAS SB van AFAS Software, e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren of Moneybird Compleet. Deze pakketten ondersteunen samenwerking met je boekhouder. Spreek apart af wie controleert, correcties maakt en aangiften verzorgt; toegang betekent niet dat dit werk inbegrepen is.

Doet mijn boekhoudprogramma ook mijn OSS-aangifte?

Dat is niet aangetoond doordat een pakket buitenlandse btw importeert of Nederlandse btw-aangiften verstuurt. OSS is een aparte regeling. Vraag expliciet of het pakket alleen gegevens klaarzet of ook de melding indient, en welke handelingen jij nog moet doen.

Moet ik een boekhoudprogramma kopen voor mijn Shopify-webshop?

Je moet een goede, controleerbare administratie bijhouden, maar je hoeft geen bepaald softwarepakket te kopen. Kies een werkwijze die bij je onderneming past. Zorg dat orders, facturen, betalingen en de gegevens achter je aangiften terug te vinden zijn.

Hoe lang moet ik mijn webshopgegevens bewaren?

Voor je basisadministratie geldt meestal 7 jaar. Voor gegevens over de OSS-Unieregeling en Invoerregeling geldt 10 jaar na afloop van het jaar van levering. Zorg dat relevante digitale gegevens beschikbaar en controleerbaar blijven, ook na het stoppen van je abonnement.

Waar moet ik op letten bij de kosten?

Vraag naar het abonnement, de webshopkoppeling, betaalkoppelingen, inrichting en eventuele voorraadmodules. Bij SnelStart staan bijvoorbeeld aparte koppel- en inrichtingskosten vermeld. Algemene koppeltarieven zijn niet altijd duidelijk over de valuta. Vraag daarom een offerte voor jouw pakket en koppeling.

Zo controleerden we deze pagina

  1. Huidige versie
    4 oktober 2026

    Eerste publicatie.