Boekhouder.nl

Boekhoudprogramma met Mollie voor je uitbetalingen

Wil je Mollie-uitbetalingen automatisch koppelen aan je boekhouding? Kijk dan verder dan een betaallink op je factuur. Je programma moet ook uitbetalingen, transactiekosten en verschillen verwerken. Hier vergelijk je welke werkwijze past bij je webshop of dienstverlening. Je ziet ook welke losse koppelingen nodig zijn en wat je nog moet controleren.

Of kies een situatie:
In het kort
  • Van de 22 beoordeelde boekhoudprogramma’s voldoen er 19 aan de eisen, is er 1 uitgesloten en zijn er 2 nog onbevestigd.
  • Een Mollie-betaallink betekent niet dat je programma ook uitbetalingen en transactiekosten automatisch verwerkt.
  • Vergelijk de kosten van je boekhoudpakket, de invoer van webshoporders en de verwerking van Mollie-uitbetalingen apart.
Uitgelichte partnersAdvertentieBetaalde plaatsing; de volgorde is geen onderzoeksranking en weegt niet mee in het advies hieronder. Hoe wij vergelijken en geld verdienen
e-Boekhouden.nlVanaf € 9,95 p/m · directe btw-aangifte, gratis accountantslicentieOnze bevindingen
MoneyMonkVanaf € 9 p/m · alle functies in elk pakket, 30 dagen gratis proberenOnze bevindingen
JorttGratis pakket, betaald vanaf € 19,95 p/m · 30 dagen gratis proberenOnze bevindingen
Persoonlijk advies van Boekhouder.nlAlgemene vergelijking

We vergelijken boekhoudsoftware op geschiktheid voor jouw situatie: prijs, pakketten, functies, bankkoppelingen, btw-ondersteuning, facturatie, boekhoudertoegang en beschikbare brondata — niet op populariteit of vergoeding. Commerciële relaties kunnen bestaan en worden vermeld. Aanbevelingen moeten passen bij de situatie van de gebruiker.

Gebaseerd op 51 bronnen, gecontroleerd op 11 oktober 2026.

Onderzoek en redactie
Boekhouder.nl Research Team
Inhoudelijk beoordeeld door
Remko Allertz
Software getest door
Shilpa Sitlani

Gepubliceerd 4 oktober 2026 · Pagina bijgewerkt 20 oktober 2026 · 51 bronnen gecontroleerd

Welke werkwijze past bij je bedrijf?

Kies de situatie die bij je past. Let daarna op het benodigde pakket en de losse koppelingen.

Diensten

Je klanten betalen vanuit je factuur

Jortt en Moneybird passen bij facturen die je in het boekhoudprogramma maakt. Ze verwerken ook Mollie-uitbetalingen en kosten. AFAS Software ondersteunt deze werkwijze met SB; de maandelijkse kostenfactuur vraagt nog verwerking.

Jortt, Moneybird, AFAS Software

Webshop

Je wilt orders en betalingen samenbrengen

AFAS Software combineert in SB webshopimport met Mollie-verwerking, maar niet alle betaalmethoden worden automatisch gekoppeld. Exact Online, Jortt en SnelStart passen met aanvullende koppelingen. Controleer apart hoe orders binnenkomen en hoe uitbetalingen worden verwerkt.

AFAS Software, Exact Online, Jortt, SnelStart

Samen controleren

Je accountant kijkt mee naar verschillen

AFAS Software en Exact Online passen bij controle van uitbetalingen door je accountant. Ook Jortt, Moneybird en SnelStart ondersteunen samenwerking. Vergelijk de toegangsrechten en kijk hoe je accountant openstaande verschillen kan terugvinden.

AFAS Software, Exact Online, Jortt, Moneybird, SnelStart

Waar let je op bij je keuze?

Laat de verwerking van een betaling tot de bankboeking zien. Controleer daarna de pakketgrenzen en de kosten van alle benodigde koppelingen.

Facturen

Kies het pakket bij je factuurstroom

Jortt ZZP past bij een eenmanszaak die facturen via Mollie laat betalen. Andere rechtsvormen hebben MKB nodig. Moneybird Groei past ook bij deze werkwijze en verwerkt terugbetalingen en terugboekingen. Let daar op het aantal banktransacties dat je pakket toestaat.

Webshop

Controleer orders los van uitbetalingen

AFAS Software biedt in SB webshopimport en Mollie-verwerking. Niet alle betaalmethoden worden automatisch gekoppeld. Exact Online en Jortt hebben voor webshoporders een aparte koppeling nodig. Bij Moneybird moet nog worden bevestigd of de gekozen webshopkoppeling het Mollie-transactiekenmerk goed doorgeeft.

Verwerking

Een betaalde factuur is niet genoeg

Vraag om een demonstratie van een klantbetaling, een gebundelde uitbetaling, de kostenboeking en de koppeling met je bank. Dit zijn aparte stappen. Een factuur die op ‘betaald’ staat, bewijst niet dat de hele uitbetaling klopt.

Kosten

Vraag apart naar alle koppelkosten

Splits je offerte op in boekhouding, invoer van webshoporders en verwerking van Mollie-uitbetalingen. Bij Exact Online en SnelStart zijn apart geprijsde koppelingen van belang. Een koppeling voor betalingen haalt niet vanzelf ook je verkooporders op.

Controle

Spreek af wie verschillen oplost

Exact Online Plus met de onderzochte externe koppeling boekt alleen automatisch bij een volledige match. Je accountant kan de overgebleven posten controleren. Vraag bij elk pakket waar ontbrekende kenmerken, terugbetalingen en correcties op kostenfacturen terechtkomen. Automatisering neemt die controle niet weg.

Welke functies heb je nodig?

Kies wat je nodig hebt. De vergelijking hierboven past zich aan.

  • Btw-aangifte
  • IB-aangifte
  • Bankkoppeling
  • Facturatie
  • Urenregistratie
  • Voorraad
  • Projecten
  • Boekhoudertoegang
  • Mobiele app
  • Auditfile-export

Zo lees je de kosten

Een boekhoudprogramma kost zelden alleen de vanafprijs. Reken met deze drie posten.

Abonnement per maand

Het bedrag dat je elke maand betaalt. Let op of de prijs geldt bij betalen per maand of per jaar.

Limieten per pakket

Veel pakketten begrenzen het aantal facturen, boekingen, gebruikers of administraties. Kom je daarboven, dan heb je een duurder pakket nodig.

Extra modules en koppelingen

Een bankkoppeling, bonnetjes scannen, een extra gebruiker of een koppeling met je webshop kost soms apart.

Welke regels blijven gelden voor je boekhouding?

Een Mollie-koppeling helpt bij de verwerking, maar vervangt je administratie niet. Houd rekening met deze regels voor bewaren, btw en aangifte.

Een controleerbare administratie is verplicht

Je moet een goede, controleerbare administratie bijhouden. Een abonnement op een boekhoudprogramma is niet verplicht: een spreadsheet kan ook een manier zijn om je administratie te organiseren. Voor de btw moet duidelijk zijn wat je moet betalen en mag terugvragen. Alleen een overzicht van Mollie-uitbetalingen is daarom niet genoeg.

Bewaar ook de gegevens achter je boekingen

Je bewaart je administratie meestal 7 jaar. Voor gegevens over onroerende zaken en gegevens onder de Unie- of invoerregeling van OSS geldt 10 jaar. Digitale facturen moet je digitaal bewaren. Bewaar ook verkoopgegevens, Mollie-kostenfacturen, uitbetalingsoverzichten en bankgegevens waarmee je boekingen kunt uitleggen. Die bewaarplicht blijft gelden als je abonnement stopt.

Doe aangifte en betaal op tijd

Controleer welk aangiftetijdvak de Belastingdienst aan je heeft toegewezen. Dat hangt niet af van je boekhoudpakket. Doe je als in Nederland gevestigde ondernemer kwartaalaangifte? Dan moeten je aangifte en betaling over het derde kwartaal van 2026 uiterlijk 31 oktober 2026 binnen zijn. Voor het vierde kwartaal is dat 31 januari 2027.

De uitbetaaldatum bepaalt niet zomaar je btw

Werk je met het factuurstelsel? Dan bepaalt meestal de factuurdatum in welk tijdvak je de btw aangeeft. Er zijn uitzonderingen, zoals vooruitbetalingen en situaties zonder factuurplicht. Gebruik het netto uitbetaalde bedrag daarom niet zomaar als omzet én de uitbetaaldatum als btw-datum. Je administratie moet de onderliggende verkopen blijven tonen.

Voor de KOR telt omzet vóór betaalverwerkingskosten

De KOR kent een omzetgrens van €20.000 per kalenderjaar, naast andere voorwaarden. De grens geldt voor het aanmeldjaar en het voorafgaande kalenderjaar. Ingehouden Mollie-kosten verlagen je omzet voor deze toets niet. Bij deelname bereken je meestal geen btw en trek je geen voorbelasting af. Overschrijd je de grens? Dan valt ook de verkoop waarmee je eroverheen gaat buiten de vrijstelling.

Bewaar verkoopdetails bij verkopen over de grens

Bij bepaalde EU-afstandsverkopen en digitale diensten kan de grens van €10.000 bepalen of btw van het land van de klant geldt. Daarbij horen voorwaarden. Via de Unieregeling van OSS kun je de betreffende buitenlandse btw per kwartaal melden. Controleer daarom of je orderkoppeling landen, btw en terugbetalingen vastlegt. Alleen uitbetalingstotalen zijn niet genoeg.

Een boekhoudrapport is nog geen belastingaangifte

Bij een eenmanszaak valt de winst onder de inkomstenbelasting. Een bv doet aangifte vennootschapsbelasting. Een rapport of export uit je boekhoudprogramma is niet hetzelfde als het indienen van die aangifte. Een bv moet ook een jaarrekening maken en aan de geldende publicatieplicht voldoen. Een balans uit je pakket rondt dat werk niet vanzelf af.

Onderscheid e-factuureisen van aangekondigde plannen

Lever je aan de Rijksoverheid? Dan kunnen de inkoopvoorwaarden een e-factuur verplicht stellen. Een pdf per e-mail is niet hetzelfde. Voor binnenlandse facturen tussen bedrijven is e-facturatie aangekondigd vanaf 1 juli 2030, en digitale rapportage vanaf 1 juli 2031. Het wetsvoorstel wordt nog uitgewerkt. Dit is dus geen algemene verplichting die nu al geldt, en evenmin bewijs dat elke factuur via een bepaald netwerk moet lopen.

Hoe we onderzoeken

Wat we vergelijken

We vergelijken boekhoudprogramma’s op prijs, limieten per pakket, functies en koppelingen die de aanbieder zelf publiceert.

Waar de gegevens vandaan komen

Prijzen en functies komen uit de prijspagina’s, helppagina’s en voorwaarden van de aanbieders. Elke bewering op deze pagina hangt aan een bron in de bronnenlijst.

Wat we niet doen

We geven geen cijfer en we wijzen geen winnaar aan. Staat iets niet in een openbare bron, dan noemen we het als open punt.

Nog open op de controledatum

  • AFAS Software controleren: Officiële pagina’s noemen zowel €59 als €59,99 per maand; we houden het hoofdtarief van €59,99 aan. Voor SB moeten de controle-export, periodieke facturen en voorwaarden via de accountant nog worden bevestigd.
  • Jortt controleren: De actuele tarieven van orderkoppelingen en het toegestane aantal gebruikers zijn nog niet bevestigd. Houd betaalverzoeken in Starter, betaald boekhouden en de API-toegang in MKB apart.
  • Exact Online controleren: Bij de onderzochte externe koppeling is nog onduidelijk of de prijs inclusief of exclusief btw is, en de informatie over de proefduur spreekt elkaar tegen. Ook de Mollie-betaallink op facturen en de prijs van de gekozen orderkoppeling moeten worden bevestigd.
  • Moneybird controleren: De oorspronkelijke prijsopgave voor Groei ontbreekt nog. Ook moet worden bevestigd of de gekozen webshopkoppeling het Mollie-transactiekenmerk doorgeeft en of er externe bankkoppelkosten gelden.
  • SnelStart controleren: Het toegestane aantal transacties en de verwerking van terugbetalingen in de gekozen koppeling moeten nog worden bevestigd. Ook is nog niet duidelijk hoe resterende Mollie-kosten worden afgehandeld.
  • Brongegevens koppelingen aanvullen: De brongegevens over de betaaldienst en de externe koppeling moeten vóór publicatie nog apart worden vastgelegd. Niet-bevestigde functies zijn daarmee niet automatisch afwezig.

Veelgestelde vragen

Is een Mollie-betaallink genoeg om mijn uitbetalingen te verwerken?

Nee. Een betaallink helpt je klant betalen, maar dat is niet hetzelfde als uitbetalingen verwerken. Controleer of je pakket ook gebundelde betalingen koppelt, transactiekosten apart boekt en de uitbetaling met je bankboeking verbindt.

Welke programma’s passen als ik facturen voor diensten stuur?

Jortt en Moneybird passen bij betalingen vanuit facturen. Jortt ZZP is bedoeld voor een eenmanszaak; andere rechtsvormen hebben MKB nodig. Moneybird Groei verwerkt ook terugbetalingen en terugboekingen. Controleer wel hoeveel banktransacties je pakket toestaat.

Heb ik voor mijn webshop een aparte orderkoppeling nodig?

Dat hangt af van het pakket. AFAS Software combineert in SB webshopimport en Mollie-verwerking. De onderzochte routes bij Exact Online en Jortt gebruiken aparte orderkoppelingen. Controleer of je gekozen koppeling zowel de verkoopgegevens als de juiste betaalreferenties doorgeeft.

Worden alle uitbetalingen automatisch gekoppeld?

Dat is niet aangetoond. Bij Exact Online boekt de onderzochte koppeling alleen automatisch bij een volledige match. AFAS SB kent uitzonderingen voor betaalmethoden. Vraag daarom hoe verschillen zichtbaar worden en wie ze oplost. Er is geen geteste koppelgraad vastgesteld.

Kan mijn accountant de Mollie-verwerking controleren?

Ja, de onderzochte werkwijzen bij AFAS Software en Exact Online ondersteunen die controle. Ook Jortt, Moneybird en SnelStart bieden samenwerking met je accountant. Controleer welke rechten je accountant krijgt en hoe openstaande verschillen worden getoond.

Is mijn Mollie-uitbetaling hetzelfde als mijn omzet voor de KOR?

Nee. Voor de KOR kijk je naar de bedragen die je klanten berekent, exclusief btw. Ingehouden betaalverwerkingskosten maken die omzet niet lager. Bewaar omzet en kosten daarom apart in je boekhouding.

Mag ik mijn digitale facturen verwijderen als ik stop?

Nee. De bewaarplicht blijft gelden als je abonnement stopt. Je bewaart je administratie meestal 7 jaar; voor bepaalde gegevens geldt 10 jaar. Digitale facturen moeten digitaal bewaard blijven. Zorg dus dat je gegevens ook na opzegging beschikbaar blijven.

Zo controleerden we deze pagina

  1. Huidige versie
    4 oktober 2026

    Eerste publicatie.